สถาบันวิชาการด้านสหกรณ์ ได้ถูกกำหนดไว้เป็นยุทธศาสตร์ที่สำคัญ ของแผนพัฒนาสหกรณ์ พ.ศ.2546-2549 ซึ่งผ่านความเห็นชอบ จากคณะกรรมการพัฒนาการสหกรณ์แห่งชาติ: คพช. และคณะรัฐมนตรี คพช. ได้ขอความร่วมมือมายังมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการจัดตั้งและดำเนินงานสถาบันวิชาการด้านสหกรณ์ โดยมุ่งหวังให้เป็นศูนย์กลางของเครือข่ายความร่วมมือ ทางวิชาการ ระหว่างสถาบันการศึกษาหน่วยงานของรัฐ และขบวนการสหกรณ์ทั้งในและต่างประเทศ ที่จะทำหน้าที่ให้การสนับสนุนส่งเสริมพัฒนาบุคลากร การพัฒนาองค์ความรู้จาก การวิจัย การบริการวิชาการด้านต่างๆ เพื่อสร้างความเข้มแข็ง และความเป็นปึกแผ่นแก่ขบวนการสหกรณ์

ด้วยตระหนักดีว่าภารกิจสำคัญของมหาวิทยาลัย คือการทำหน้าที่เป็นแหล่งวิชาการ ที่เข้มแข็ง สามารถชี้นำและเป็นแกนนำในการพัฒนาชุมชน และสังคมให้สามารถพึ่งพาตนเองได้ อย่างยั่งยืน ในที่สุดสถาบันวิชาการด้านสหกรณ์ ได้จัดตั้งขึ้นตามประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ลงวันที่ 15 กันยายน 2547 โดยมีคณะกรรมการประจำสถาบันฯ ซึ่งประกอบด้วย อธิการบดีเป็นประธานกรรมการ มีรองอธิการบดี และตัวแทนจากหน่วยงานภาครัฐและขบวนการสหกรณ์เป็นกรรมการ จำนวน 12 คนหัวหน้าหน่วยงานคือ ผู้อำนวยการสถาบันฯ ทำหน้าที่บริหารจัดการให้เป็น ไปตามนโยบายของคณะกรรมการประจำสถาบันฯ

ปัจจุบันสถาบันวิชาการด้านสหกรณ์ เป็นหน่วยงานในสังกัดคณะเศรษฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

วัตถุประสงค์การจัดตั้งสถาบันฯ

1) เพื่อให้มีชุดความรู้ใหม่/นวัตกรรมที่สนับสนุนการยกระดับพัฒนาการสหกรณ์ในทิศทางของระบบคุณค่าและการค้าที่เป็นธรรม

2) เพื่อสนับสนุนให้มีกลไกการเรียนรู้ และคลังความรู้สนับสนุนการสร้างผู้นำการเปลี่ยนแปลงที่มีจิตสำนึกสหกรณ์และการค้าที่เป็นธรรม

3) เพื่อพัฒนาระบบคุณค่าและการค้าที่เป็นธรรมให้เป็นทางเลือกของชุมชนและประชาคมที่เชื่อมั่นและเห็นความสำคัญ

4) เพื่อพัฒนาองค์กรให้เป็นองค์กรแห่งการเรียนรู้มีเครือข่ายความร่วมมือในการสร้างทีมงานมืออาชีพที่มีความสามารถเป็นนักวิจัยพี่เลี้ยง (Coaching) และวิทยากรด้านการพัฒนาระบบคุณค่าและการค้าที่เป็นธรรม